Ministerstwo Finansów poinformowało, że z dniem 1 stycznia 2016 r. ulega zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.
Zgodnie z art. 7 ust. 2 ustawy o VAT jeśli podatnikowi przysługiwało w całości lub w części prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu, imporcie, wytworzeniu towarów lub części składowych, to dostawa tych towarów nawet jeśli jest nieodpłatna podlega VAT. Dotyczy to w szczególności przekazania lub zużycia towarów na cele osobiste np. podatnika, jego pracowników, byłych pracowników, wspólników oraz wszelkie darowizny.
Od chwili podjęcia przez NSA w dniu 24 czerwca 2014 r. uchwały, w której arbitralnie stwierdzono, że jednostki budżetowe nie są (jakoby) podatnikami tego podatku, trwa i pogłębia się chaos w tym zakresie. Należy przypomnieć, że w ustnym uzasadnieniu do tej uchwały stwierdzono, że wszystkie jednostki budżetowe nie są podatnikami, bo (jakoby) nie prowadzą „samodzielne” działalności gospodarczej, o czym świadczy – zdaniem sądu – fakt, że nie dysponują swoim dochodem. W uzasadnieniu jednak stwierdzono, że tylko gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami, choć państwowe już są, mimo że również „nie dysponują swoim dochodem”, bo w sensie prawnofinansowym niczym się nie różnią.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Podatnik, który chce odliczyć VAT nie musi badać, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał 22 października 2015 r. wyrok, zgodnie z którym nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli była dostawa, a tylko nie da się ustalić, kto był sprzedawcą. Urzędnicy musieliby wykazać, że kupujący faktycznie nie dochował należytej staranności.
Umiejętne łączenie lub dzielenie świadczeń może się podatkowo opłacać. Będzie tak dopóty, dopóki będą obowiązywać różne stawki na różne usługi. Zasadniczo problem dotyczy dwóch kwestii. Po pierwsze, ustalenia, czy oferowane przez podatnika usługi są świadczeniem kompleksowym, do którego stosuje się jedną stawkę VAT, czy świadczeniami odrębnymi, opodatkowanymi według stawek dla nich właściwych. Nawet jednak, gdy usługa zostanie uznana za kompleksową, pojawia się druga wątpliwość – co jest świadczeniem głównym decydującym o stawce podatku dla całej usługi. Przedsiębiorcy albo więc dzielą usługi, albo je łączą, wybierając przy tym – jako dominujące – te, które są opodatkowane niższą stawką podatku. Nie zawsze udaje im się obronić to w urzędzie i w sądzie.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.
